Órgão unipessoal que superiormente dirige e representa o Instituto, eleito pelo Conselho do Instituto para um mandato de três anos. O Presidente é coadjuvado, por dois Vice-presidentes.
Constituuem competências do Presidente do Instituto:
a) representar o Instituto perante os demais órgãos da Universidade e perante o exterior;
b) dirigir os serviços do Instituto;
c) exercer o poder disciplinar estabelecido pelos estatutos da Universidade ou delegado pelo Reitor;
d) elaborar o orçamento e o plano de actividades, bem como o relatório de actividades e contas;
e) assegurar o cumprimento das deliberações tomadas pelos órgãos de governo do Instituto;
f) promover a coesão e identidade do Instituto desenvolvendo para tal as iniciativas adequadas;
g) elaborar e apresentar ao Conselho do Instituto, auscultado o Conselho de Gestão, propostas sobre as seguintes matérias:
i) os regulamentos internos do Instituto;
ii) criação, modificação e extinção de subunidades orgânicas;
iii) alterações aos Estatutos do Instituto.
h) presidir aos órgãos do Instituto, com excepção do Conselho Pedagógico;
i) propor as iniciativas que considere necessárias ao bom funcionamento do Instituto;
j) exercer as demais funções previstas na lei e nos estatutos do Instituto.