O Conselho do Instituto é o órgão colegial representativo do Instituto.
O Presidente do Instituto é o órgão uninominal que superiormente dirige e representa o Instituto.
Órgão composto por membros do ICS e personalidades de reconhecido mérito nos domínios da sua atividade.
O Conselho Científico é o órgão que define e superintende a política científica do Instituto.
O Conselho Pedagógico é o órgão que define e superintende a política pedagógica do Instituto.
O Conselho de Gestão é o órgão de representação das subunidades que visa assegurar a coesão do Instituto.
O Instituto de Ciências Sociais é composto por 4 Departamentos e 5 Centros de I&D.