O Conselho Científico é o órgão que define e superintende a política científica do Instituto. Tem, de acordo com os Estatutos do Instituto de Ciências Sociais​, as seguintes competências:

a) Definir a política de investigação do Instituto, tendo em conta as linhas gerais de orientação da Universidade;
b) Aprovar os planos de atividades e os relatórios anuais das respetivas subunidades;
c) Aprovar as propostas de admissão e recondução do pessoal docente, bem como do pessoal investigador;
d) Pronunciar-se sobre a transferência de professores;
e) Propor a abertura de concursos de professores e a composição dos júris, depois de ouvidos os respetivos Departamentos;
f) Decidir sobre as propostas de constituição dos júris para as provas de mestrado;
g) Propor a composição dos júris de outras provas académicas;
h) Aprovar a creditação da formação realizada anteriormente segundo as normas e critérios fixados pelo Senado Académico;
i) Pronunciar-se sobre pedidos de concessão de equivalência de doutoramento e propor a nomeação dos respetivos júris;
j) Propor a criação de novos ciclos de estudos e aprovar os planos de estudo referentes à criação ou reestruturação de ciclos de estudos em que o Instituto seja parte interveniente;
k) Decidir ou pronunciar-se sobre os demais assuntos previstos na lei e nos regulamentos internos da Universidade;
l) Desempenhar as demais funções previstas na lei e nos presentes estatutos.

O Conselh​o Científico é atualmente composto pelos seguintes membros: