O Conselho Científico é o órgão que define e superintende a política científica do Instituto. Tem, de acordo com os Estatutos do Instituto de Ciências Sociais​, as seguintes competências:

a) Definir a política de investigação do Instituto, tendo em conta as linhas gerais de orientação da Universidade;

b) Aprovar os planos de atividades e os relatórios anuais das respetivas subunidades;

c) Aprovar as propostas de admissão e recondução do pessoal docente, bem como do pessoal investigador;

d) Pronunciar-se sobre a transferência de professores;

e) Propor a abertura de concursos de professores e a composição dos júris, depois de ouvidos os respetivos Departamentos;

f) Decidir sobre as propostas de constituição dos júris para as provas de mestrado;

g) Propor a composição dos júris de outras provas académicas;

h) Aprovar a creditação da formação realizada anteriormente segundo as normas e critérios fixados pelo Senado Académico;

i) Pronunciar-se sobre pedidos de concessão de equivalência de doutoramento e propor a nomeação dos respetivos júris;

j) Propor a criação de novos ciclos de estudos e aprovar os planos de estudo referentes à criação ou reestruturação de ciclos de estudos em que o Instituto seja parte interveniente;

k) Decidir ou pronunciar-se sobre os demais assuntos previstos na lei e nos regulamentos internos da Universidade;

l) Desempenhar as demais funções previstas na lei e nos presentes estatutos.

O Conselho Científico é atualmente composto pelos seguintes membros:

Albertino José Ribeiro Gonçalves

António Avelino Batista Vieira

Carlos Gil Correia Veloso da Veiga

Emília Rodrigues Araújo

Helena Cristina Ferreira Machado

José Fernando Bessa Ribeiro

José Luís Meireles Batista

José Viriato Eiras Capela

Luís António Martins Santos

Luís Manuel de Jesus Cunha

Manuel Joaquim Silva Pinto

Maria Carmo Franco Ribeiro

Maria de Fátima Cunha Moura Ferreira

Maria Helena Costa Carvalho Sousa

Maria José Boavida Miguel Caldeira

Maria Madalena da Costa Oliveira

Maria Manuela Reis Martins

Maria Marta Lobo Araújo

Maria Rosa Soares Pedrosa Cabecinhas

Maria Zara Simões Pinto Coelho

Moisés Adão Lemos Martins

Paula Cristina Almeida Cadima Remoaldo

Rita Maria Gonçalves Ribeiro

Sara Jesus Gomes Pereira

Teresa Augusta Ruão Correia Pinto​​