​​​O Presidente do Instituto é o órgão uninominal que superiormente dirige e representa o Instituto, que tem, de acordo com os Estatutos do Instituto de Ciências Sociais​, as seguintes competências:

a) Representar o Instituto perante os demais órgãos da Universidade e perante o exterior;
b) Dirigir os serviços do Instituto;​​
c) Exercer o poder disciplinar estabelecido pelos estatutos da Universidade ou delegado pelo Reitor;
d) Elaborar o orçamento e o plano de atividades, bem como o relatório de atividades e contas;
e) Assegurar o cumprimento das deliberações tomadas pelos órgãos de governo do Instituto;
f) Promover a coesão e identidade do Instituto desenvolvendo para tal as iniciativas adequadas;
g) Elaborar e apresentar ao Conselho do Instituto, auscultado o Conselho de Gestão, propostas sobre as seguintes matérias:
   i) Os regulamentos internos do Instituto;
   ii) Criação, modificação e extinção de subunidades orgânicas;
   iii) Alterações aos Estatutos do Instituto.
h) Presidir aos órgãos do Instituto, com exceção do Conselho do Instituto e do Conselho Pedagógico;
i) Propor as iniciativas que considere necessárias ao bom funcionamento do Instituto;
j) Exercer as demais funções previstas na lei e nos estatutos do Instituto.

​O cargo de Presidente do Instituto é atualmente assumido por Helena Machado, Professora Catedrática do Departamento de Sociologia.​​

O Conselho Científico é o órgão que define e superintende a política científica do Instituto. Tem, de acordo com os Estatutos do Instituto de Ciências Sociais​, as seguintes competências:

a) Definir a política de investigação do Instituto, tendo em conta as linhas gerais de orientação da Universidade;
b) Aprovar os planos de atividades e os relatórios anuais das respetivas subunidades;
c) Aprovar as propostas de admissão e recondução do pessoal docente, bem como do pessoal investigador;
d) Pronunciar-se sobre a transferência de professores;
e) Propor a abertura de concursos de professores e a composição dos júris, depois de ouvidos os respetivos Departamentos;
f) Decidir sobre as propostas de constituição dos júris para as provas de mestrado;
g) Propor a composição dos júris de outras provas académicas;
h) Aprovar a creditação da formação realizada anteriormente segundo as normas e critérios fixados pelo Senado Académico;
i) Pronunciar-se sobre pedidos de concessão de equivalência de doutoramento e propor a nomeação dos respetivos júris;
j) Propor a criação de novos ciclos de estudos e aprovar os planos de estudo referentes à criação ou reestruturação de ciclos de estudos em que o Instituto seja parte interveniente;
k) Decidir ou pronunciar-se sobre os demais assuntos previstos na lei e nos regulamentos internos da Universidade;
l) Desempenhar as demais funções previstas na lei e nos presentes estatutos.

O Conselh​o Científico é atualmente composto pelos seguintes membros:

Albertino José Ribeiro Gonçalves
António Avelino Batista Vieira
Carlos Gil Correia Veloso da Veiga
Emília Rodrigues Araújo
José Fernando Bessa Ribeiro
Helena Cristina Ferreira Machado
José Luís Meireles Batista
José Viriato Eiras Capela
Luís António Martins Santos
Luís Manuel de Jesus Cunha
Manuel Joaquim Silva Pinto
Maria Carmo Franco Ribeiro
Maria de Fátima Cunha Moura Ferreira
Maria Helena Costa Carvalho Sousa
Maria José Boavida Miguel Caldeira
Maria Madalena da Costa Oliveira
Maria Manuela Reis Martins
Maria Marta Lobo Araújo
Maria Rosa Soares Pedrosa Cabecinhas
Maria Zara Simões Pinto Coelho
Moisés Adão Lemos Martins
Paula Cristina Almeida Cadima Remoaldo
Rita Maria Gonçalves Ribeiro
Sara Jesus Gomes Pereira
​Teresa Augusta Ruão Correia Pinto​​

​O Conselho Pedagógico é o órgão que define e superintende a política pedagógica do Instituto. Tem, de acordo com os Estatutos do Instituto de Ciências Sociais​, as seguintes competências:

​a) Pronunciar-se sobre as orientações pedagógicas e os métodos de ensino e de avaliação;
b) Promover a realização de inquéritos regulares ao desempenho pedagógico do Instituto e a su​a análise e divulgação;
c) Promover a realização da avaliação do desempenho pedagógico dos docentes, por estes e pelos estudantes, e a sua análise e divulgação;
d) Garantir mecanismos de autoavaliação regular relativa ao desempenho dos projetos de ensino;
e) Apreciar as queixas relativas a falhas pedagógicas e propor as providências necessárias;
f) Aprovar o regulamento de avaliação do aproveitamento dos estudantes;
g) Pronunciar-se sobre o regime de prescrições;
h) Pronunciar-se sobre a criação de ciclos de estudos e sobre os planos dos ciclos de estudos ministrados;
i) Pronunciar-se sobre a instituição de prémios escolares;
j) Assegurar a gestão corrente dos assuntos comuns aos ciclos de estudos, designadamente no que concerne ao calendário letivo e ao calendário de avaliação;
k) Propor a afetação de recursos para um correto funcionamento dos ciclos de estudos;
l) Aprovar as equivalências de unidades curriculares e de planos de estudos, segundo as normas e critérios fixados pelo Senado Académico;
m) Moderar e arbitrar os conflitos que venham a ocorrer no funcionamento dos ciclos de estudos;
n) Exercer as demais competências que lhe sejam conferidas pela lei ou pelos estatutos.

O Conselho Pedagógico é atualmente composto pelos seguintes membros:

O Conselho de Gestão é o órgão de representação das subunidades que visa assegurar a coesão do Instituto. Tem, de acordo com os Estatutos do Instituto de Ciências Sociais​​, a competência de gerir a Unidade e coordenar o seu funcionamento.​

O Conselho de Gestão é atualmente composto pelos seguintes membros: 

De acordo com os Estatutos do Instituto de C​iências Sociais​, ao secretário do Instituto compete:

a) Orientar e coordenar a atividade dos serviços do Instituto, de acordo com as diretivas do Presidente;
b) Dirigir o pessoal não docente e não investigador, sob orientação do responsável do Instituto ou subunidade;
c) Assistir tecnicamente aos órgãos do Instituto;
d) Elaborar estudos, pareceres e informações, relativos à gestão do Instituto;
e) Recolher, sistematizar e divulgar legislação com interesse para a atividade do Instituto;
f) Informar e submeter a despacho do Presidente todos os assuntos relativos a questões de natureza técnica;
g) Passar certidões dos documentos constantes dos processos à sua guarda;
h) Exercer as demais competências que lhe forem cometidas por lei ou que sejam delegadas pelo Presidente.

​A posição de Secretária do Instituto é atualmente assumida por Lúcia Azevedo.