O Conselho do Instituto é o órgão colegial representativo do Instituto, que tem, de acordo com os Estatutos do Instituto de Ciências Sociais​, as seguintes competências:

a) Definir as linhas gerais de orientação d​o Instituto;
b) Aprovar os regulamentos internos do Instituto, incluindo regulamentos eleitorais e os regulamentos internos de funcionamento dos órgãos de governo do Instituto, a homologar pelo Reitor;
c) Aprovar o plano anual de atividades, o orçamento, o relatório de atividades e as contas;​
d) Eleger o Presidente do Instituto, nos termos do respetivo regulamento;
e) Pronunciar-se sobre a criação, modificação e extinção de subunidades orgânicas;
f) Aprovar as propostas de alterações aos Estatutos do Instituto;
g) Eleger o seu Presidente, por maioria absoluta, de entre os seus membros professores e investigadores doutorados.

O Conselho do Instituto é atualmente composto pelos seguintes membros: ​​

Presidente​
Ana Maria dos Santos Bettencourt

Representantes dos professores e investigadores doutorados