​​​O Presidente do Instituto é o órgão uninominal que superiormente dirige e representa o Instituto, que tem, de acordo com os Estatutos do Instituto de Ciências Sociais​, as seguintes competências:

a) Representar o Instituto perante os demais órgãos da Universidade e perante o exterior;

b) Dirigir os serviços do Instituto;​​

c) Exercer o poder disciplinar estabelecido pelos estatutos da Universidade ou delegado pelo Reitor;

d) Elaborar o orçamento e o plano de atividades, bem como o relatório de atividades e contas;

e) Assegurar o cumprimento das deliberações tomadas pelos órgãos de governo do Instituto;

f) Promover a coesão e identidade do Instituto desenvolvendo para tal as iniciativas adequadas;

g) Elaborar e apresentar ao Conselho do Instituto, auscultado o Conselho de Gestão, propostas sobre as seguintes matérias:

i) Os regulamentos internos do Instituto;

ii) Criação, modificação e extinção de subunidades orgânicas;

iii) Alterações aos Estatutos do Instituto.

h) Presidir aos órgãos do Instituto, com exceção do Conselho do Instituto e do Conselho Pedagógico;

i) Propor as iniciativas que considere necessárias ao bom funcionamento do Instituto;

j) Exercer as demais funções previstas na lei e nos estatutos do Instituto.

O cargo de Presidente do Instituto é atualmente assumido por Paula Remoaldo, Professora Catedrática do Departamento de Geografia.​​