O Conselho de Gestão é o órgão de representação das subunidades que visa assegurar a coesão do Instituto. Tem, de acordo com os Estatutos do Instituto de Ciências Sociais​​, a competência de gerir a Unidade e coordenar o seu funcionamento.​

O Conselho de Gestão é atualmente composto pelos seguintes membros: 

Presidente do ICS​
Ana Paula Pereira Marques 

Vice-Presidente do ICS
João Carlos Vicente Sarmento

​Diretores de Departamento
Maria Helena Martins da Costa Pires
Flávio Paulo Jorge Nunes
Arnaldo Rui Azevedo Sousa Melo
José Fernando Bessa Ribeiro

​Diretores de Centro de Investigação
Ana Maria Simões de Azevedo Brandão
Manuela Ivone Paredes Pereira da Cunha
Maria Madalena Costa Oliveira
Maria Fátima Cunha Moura Ferreira

​Secretário do Instituto​
Arminda Lúcia Lopes Azevedo
 
Representante do pessoal não docente e não investigador
Juliana Araújo Alves