O Conselho de Gestão é o órgão de representação das subunidades que visa assegurar a coesão do Instituto. Tem, de acordo com os Estatutos do Instituto de Ciências Sociais​​, a competência de gerir a Unidade e coordenar o seu funcionamento.​

O Conselho de Gestão é atualmente composto pelos seguintes membros: 

Presidente do ICS​
Helena Machado

Vice-Presidente do ICS
João Sarmento​

​Diretores de Departamento
Felisbela Lopes
António Bento Gonçalves
Francisco Mendes
Carlos Veiga

​Diretores de Centro de Investigação
Rodrigo Dominguez
Luís Cunha​
Madalena Oliveira
Jorge Correia

​Secretário do Instituto​
Lúcia Azevedo
 
Representante do pessoal não docente e não investigador
Miguel Aguiar