O Conselho de Gestão é o órgão de representação das subunidades que visa assegurar a coesão do Instituto. Tem, de acordo com os Estatutos do Instituto de Ciências Sociais​​, a competência de gerir a Unidade e coordenar o seu funcionamento.​

O Conselho de Gestão é atualmente composto pelos seguintes membros: 

Presidente do ICS​
Helena Machado

Vice-Presidente do ICS
João Sarmento​

​Diretores de Departamento
Carlos Veiga
Helena Sousa​
Marta Lobo
Virgínia Teles

​Diretores de Centro de Investigação
Ana Brandão
António Vieira
Luís Cunha​
Moisés de Lemos Martins
Paula Remoaldo

​Secretário do Instituto​
Lúcia Azevedo
 
Representante do pessoal não docente e não investigador
Ana Gonçalves​​