​O Conselho Pedagógico é o órgão que define e superintende a política pedagógica do Instituto. Tem, de acordo com os Estatutos do Instituto de Ciências Sociais​, as seguintes competências:

​a) Pronunciar-se sobre as orientações pedagógicas e os métodos de ensino e de avaliação;
b) Promover a realização de inquéritos regulares ao desempenho pedagógico do Instituto e a su​a análise e divulgação;
c) Promover a realização da avaliação do desempenho pedagógico dos docentes, por estes e pelos estudantes, e a sua análise e divulgação;
d) Garantir mecanismos de autoavaliação regular relativa ao desempenho dos projetos de ensino;
e) Apreciar as queixas relativas a falhas pedagógicas e propor as providências necessárias;
f) Aprovar o regulamento de avaliação do aproveitamento dos estudantes;
g) Pronunciar-se sobre o regime de prescrições;
h) Pronunciar-se sobre a criação de ciclos de estudos e sobre os planos dos ciclos de estudos ministrados;
i) Pronunciar-se sobre a instituição de prémios escolares;
j) Assegurar a gestão corrente dos assuntos comuns aos ciclos de estudos, designadamente no que concerne ao calendário letivo e ao calendário de avaliação;
k) Propor a afetação de recursos para um correto funcionamento dos ciclos de estudos;
l) Aprovar as equivalências de unidades curriculares e de planos de estudos, segundo as normas e critérios fixados pelo Senado Académico;
m) Moderar e arbitrar os conflitos que venham a ocorrer no funcionamento dos ciclos de estudos;
n) Exercer as demais competências que lhe sejam conferidas pela lei ou pelos estatutos.

O Conselho Pedagógico é atualmente composto pelos seguintes membros:

Presidente: Rita Maria Gonçalves Ribeiro