O Conselho do Instituto é o órgão colegial representativo do Instituto, que tem, de acordo com os Estatutos do Instituto de Ciências Sociais​, as seguintes competências:

a) Definir as linhas gerais de orientação d​o Instituto;
b) Aprovar os regulamentos internos do Instituto, incluindo regulamentos eleitorais e os regulamentos internos de funcionamento dos órgãos de governo do Instituto, a homologar pelo Reitor;
c) Aprovar o plano anual de atividades, o orçamento, o relatório de atividades e as contas;​
d) Eleger o Presidente do Instituto, nos termos do respetivo regulamento;
e) Pronunciar-se sobre a criação, modificação e extinção de subunidades orgânicas;
f) Aprovar as propostas de alterações aos Estatutos do Instituto;
g) Eleger o seu Presidente, por maioria absoluta, de entre os seus membros professores e investigadores doutorados.

O Conselho do Instituto é atualmente composto pelos seguintes membros: ​​

Presidente

Maria Rosa Soares Pedrosa Cabecinhas

Representantes dos professores e investigadores doutorados

​​​O Presidente do Instituto é o órgão uninominal que superiormente dirige e representa o Instituto, que tem, de acordo com os Estatutos do Instituto de Ciências Sociais​, as seguintes competências:

a) Representar o Instituto perante os demais órgãos da Universidade e perante o exterior;
b) Dirigir os serviços do Instituto;​​
c) Exercer o poder disciplinar estabelecido pelos estatutos da Universidade ou delegado pelo Reitor;
d) Elaborar o orçamento e o plano de atividades, bem como o relatório de atividades e contas;
e) Assegurar o cumprimento das deliberações tomadas pelos órgãos de governo do Instituto;
f) Promover a coesão e identidade do Instituto desenvolvendo para tal as iniciativas adequadas;
g) Elaborar e apresentar ao Conselho do Instituto, auscultado o Conselho de Gestão, propostas sobre as seguintes matérias:
   i) Os regulamentos internos do Instituto;
   ii) Criação, modificação e extinção de subunidades orgânicas;
   iii) Alterações aos Estatutos do Instituto.
h) Presidir aos órgãos do Instituto, com exceção do Conselho do Instituto e do Conselho Pedagógico;
i) Propor as iniciativas que considere necessárias ao bom funcionamento do Instituto;
j) Exercer as demais funções previstas na lei e nos estatutos do Instituto.

​O cargo de Presidente do Instituto é atualmente assumido por Ana Paula Marques, Professora Catedrática do Departamento de Sociologia.​​

​O Conselho Pedagógico é o órgão que define e superintende a política pedagógica do Instituto. Tem, de acordo com os Estatutos do Instituto de Ciências Sociais​, as seguintes competências:

​a) Pronunciar-se sobre as orientações pedagógicas e os métodos de ensino e de avaliação;
b) Promover a realização de inquéritos regulares ao desempenho pedagógico do Instituto e a su​a análise e divulgação;
c) Promover a realização da avaliação do desempenho pedagógico dos docentes, por estes e pelos estudantes, e a sua análise e divulgação;
d) Garantir mecanismos de autoavaliação regular relativa ao desempenho dos projetos de ensino;
e) Apreciar as queixas relativas a falhas pedagógicas e propor as providências necessárias;
f) Aprovar o regulamento de avaliação do aproveitamento dos estudantes;
g) Pronunciar-se sobre o regime de prescrições;
h) Pronunciar-se sobre a criação de ciclos de estudos e sobre os planos dos ciclos de estudos ministrados;
i) Pronunciar-se sobre a instituição de prémios escolares;
j) Assegurar a gestão corrente dos assuntos comuns aos ciclos de estudos, designadamente no que concerne ao calendário letivo e ao calendário de avaliação;
k) Propor a afetação de recursos para um correto funcionamento dos ciclos de estudos;
l) Aprovar as equivalências de unidades curriculares e de planos de estudos, segundo as normas e critérios fixados pelo Senado Académico;
m) Moderar e arbitrar os conflitos que venham a ocorrer no funcionamento dos ciclos de estudos;
n) Exercer as demais competências que lhe sejam conferidas pela lei ou pelos estatutos.

O Conselho Pedagógico é atualmente composto pelos seguintes membros:

Presidente: Rita Maria Gonçalves Ribeiro

O Conselho de Gestão é o órgão de representação das subunidades que visa assegurar a coesão do Instituto. Tem, de acordo com os Estatutos do Instituto de Ciências Sociais​​, a competência de gerir a Unidade e coordenar o seu funcionamento.​

O Conselho de Gestão é atualmente composto pelos seguintes membros: 

De acordo com os Estatutos do Instituto de C​iências Sociais​, ao secretário do Instituto compete:

a) Orientar e coordenar a atividade dos serviços do Instituto, de acordo com as diretivas do Presidente;
b) Dirigir o pessoal não docente e não investigador, sob orientação do responsável do Instituto ou subunidade;
c) Assistir tecnicamente aos órgãos do Instituto;
d) Elaborar estudos, pareceres e informações, relativos à gestão do Instituto;
e) Recolher, sistematizar e divulgar legislação com interesse para a atividade do Instituto;
f) Informar e submeter a despacho do Presidente todos os assuntos relativos a questões de natureza técnica;
g) Passar certidões dos documentos constantes dos processos à sua guarda;
h) Exercer as demais competências que lhe forem cometidas por lei ou que sejam delegadas pelo Presidente.

​A posição de Secretária do Instituto é atualmente assumida por Lúcia Azevedo.